糸魚川市根知谷地区には根小屋城・栗山城・上城山城の3つの山城が存在しており、この3城を総称して「根知城」と呼んでいます。

城から眺めると、姫川が城の西側を、根知川が北側から東側を流れており、この両川はあたかも水を蓄えた堀のようにも見えます。

根知谷は盆地であると同時に独立性をもった地区で、根知城はこの恵まれた自然条件を大規模に利用して築かれており、戦国時代の山城及び館城の特徴をよく留めています。

3城の中で中心的な役割を果たしていた根小屋城は、標高320mに位置する戦国時代の典型的な尾根城です。本丸跡と殿屋敷と称する郭跡を中心に、郭跡17、削平地201、堀切16、竪堀15というように大規模な遺構を見事に残しています。

根知城の築城年代は明らかではありませんが、永禄11年（1568）以降の上杉謙信の書状に、同地の警備を厳重にせよという指令が、何度も出されています。

根知谷は、信越国境の要の地であるだけに、謙信も根知城を整備し、強固なものにしたと考えられます。

武田信玄に追われ、川中島の合戦の発端を作った信濃の武将・村上義清は、謙信の信頼が厚く、永禄8年（1565）には根知城主に任じられました。村上義清の死後、城主は次々と代わりましたが、景勝の会津移封後、根知城に入った堀清重は、慶長4年（1599）の上杉遺民一揆の際に根知城を廃し、慶長6年（1601）には糸魚川市一の宮に清崎城を築いたと言われています。