砂越城の歴史について『砂越史話』小林伊一著によれば、久寿元年（1154）播磨国の豪族・赤松氏の三男・石黒殿、砂越に居城を構える。

文治6年（1190）鎌倉幕府、源頼朝の命を受けた砂越氏が出羽郡司として補任されて、砂越城主となった（武藤輝平代官）。

永享3年（1431）砂越氏の出した安堵状、大河渡文書が残っている。

嘉吉3年（1443）一揆によって砂越城落城の事あり、この後に斯波氏の一族が砂越城主となる。

文明10年（1478）砂越城主・砂越氏雄京都に上り、将軍・足利義尚に謁して飽海郡を領し、信濃守の任官名を名乗る。

永正10年（1513）砂越氏雄、大宝寺城と戦い破れ、大宝寺より武藤氏雑が砂越城主となる。

天正16年（1588）千安の戦いのおりに、越後の本庄繁長に攻められ庄内勢大敗し、砂越氏は青沢に退き、後に奥州三春城主・秋田安房守に仕え、その子孫は今も三春に暮らすという。

その後、砂越城は越後上杉、山形最上氏配下となるも、元和3年（1617）に廃城となる。

平成3年砂越城実測図面によれば、土塁内総面積6,885平方メートル、中央北寄りに祀られている諏訪神社が本丸跡となっている。