余部城は余部集落のある段丘上にある平城である。丸岡城ともいう。

西岸寺周辺が城跡と伝えられ、小字「古城」「古城浦」「政所」などの地名が残る。また、城の西側には「下条」「中条」「上条」の地名も見える。

清和源氏の流れを汲む福井氏の城と伝えられ、江戸時代には福井氏の子孫能勢氏が「古城」という場所に住んでいたという（『丹波志桑田記』）。

余部城が登場するのは、15世紀の応仁・文明の乱のときである。西軍の反撃を受けた東軍方の野田泰忠は、応仁3年（1469）4月、丹波穴太に逃れた。6月には東軍の安富又五郎のもとに加わり「余部城」に入っている。

また、文明元年（1469）10月にも再び入城している（文明6年3月付「野田泰忠軍忠状」『尊経閣文庫所蔵文書』815）。

以上の記述から東軍の軍事的拠点として機能していたようである。戦国期も城が使われたらしく、天文末年～永禄年間頃、多紀郡の波多野元秀は長尾大和守に対して「余部」に「入城」した功績を賞している。

ただし、元秀は余部城を「無要害」と表現している（5月4日付「波多野元秀書状」『雨森善四郎氏所蔵文書』1438）。

また、天正3年（1575）8月、越前在陣中の明智光秀は船井郡の小畠左馬進宛の書状にて「馬路・余部在城之衆」に指示した様子を報じている（8月21日付「明智光秀書状」『大阪青山短期大学所蔵文書』）。また、天正3～5年頃の10月には光秀が小畠左馬進を「余部近辺」に呼び寄せている（12月12日付「明智光秀書状」『大東急記念文庫所蔵文書』）。

このように余部城は単なる在地領主の城ではなく、戦国期の地域権力の拠点的な城として使用されていたことがわかる。