根井氏館（ねのいしやかた）は、長野県佐久市根々井亀田にあった城である。

正法寺を中心に、150m四方ほどの地域が、木曽義仲の部将・根井行親（ねのいゆきちか）の館跡であるとされている。

東方にある根々井には、現在も中世的な町割りを残し、字「居屋敷」に政所・政庁、「市坂」に交易市場の名残りをとどめている。

根井氏は滋野党望月氏の支流で、望月牧が衰え、経済の基盤が牧場から平地に移ったころ、大井荘の荘司（荘園の領主の命を受けてその荘園を管理した職）に起用され、農耕に恵まれたこの地帯に居住して栄えた。木曽義仲は拳兵にあたり、信濃各地に強大な実力をもっていた滋野氏一党をたのみ、根井行親を主力として平氏追討の大業をなしとげた。

なお正法寺は、一説には行親の開基といわれているが、寺伝によれば祈願寺とされている。

境内にある石造多層塔は根井行親の供養塔（市有形文化財）と伝えられている。