羽茂城跡は、羽茂本郷東側の独立台地上に築かれた典型的な中世山城の跡で、本城、二の城、北の城、馬場等の跡を残し、本城跡には殿屋敷、奥方屋敷、五社城、荒神城、南の城等の跡、その他の遺構をよく残しています。

また、羽茂平野周辺には、この羽茂城を中心に、西方城、清士岡城、岡田城、村山城、須川城、平城と、海に向かって縦深陣地が築かれ、背後には、上山田、飯岡、大崎、滝平等、各支城を配する雄大な布陣が見られます。

羽茂本間氏は、真野地区の吉岡本間の分かれといわれ、南佐渡の拠点としてこの城を構築したとされます。進出の年代は、鎌倉期(1263ころ)から見られ、「飯岡八幡宮棟札一正和2年(1313)」や、「熊野神社棟札一元亨2年(1322)」等に、城主と思われるものの法名や一族の名を残しています。

その後、大蓮寺本尊の木造阿弥陀如来坐像墨書や天満宮河原畠寄進状等の残る応永33年(1426)のころ勢力を張り、熊野権現や八幡宮に棟札を残す対馬守淳季の代(1510ころ)から、天文19年(1550)のころにかけて佐渡を二分する勢力を得ますが、秀吉の天下統一による上野景勝の佐渡攻めのため、天正17年(1589)に落城しました。

従来、羽茂本間氏の定着は清士岡城から始まったとされてきましたが、羽茂町誌によって羽茂平野の中央「城ノ内」とされました。これは、清士岡城では規模が小さいことや、鎌倉末期には山城に拠らず平地に館を構えたこと、「城ノ内」の地が羽茂郷のいかにも中央に位置すること等によるものです。

構築の時期は、天満宮河原畠寄進状や大蓮寺本尊阿弥陀如来像の胎内銘の法名の見える「眞本入道」の壮年期、すなわち、南北朝期から応永年間(1394～1427)であろうと思われます。 昭和52年、町道大谷線工事のため、北の城地区にかかる発掘調査が行なわれ、城内鍛冶跡や建物跡、建物の柱穴跡がさらに北の城跡へ続いていることが知られ、多くの陶器片等が発見されました。