乱川扇状地の北東部、白水川・日塔川の右岸、河岸段丘上に立地する。標高約130メートル、比高は5～7メートルの台地上に築かれた平台城。本丸は現在、東根小学校の校舎敷地となっており、西側には推定樹齢1,500年以上の「東根の大ケヤキ」がある。自然の段丘地形と沼地を巧みに利用して設定されている。

正保年間の「東根城絵図」によると、本丸の周囲は石垣や土塁の上に塀がめぐらされており、東北隅には一層二重の櫓があり、さらに東南隅と西北隅、大手門の近くにも櫓がある。大手門は本丸の西北（大ケヤキの北側）にあり、ほかに本丸に3箇所、二の丸に4箇所、二の丸から三の丸に出る門が3箇所ある。城の周辺には寺社が配置され、鬼門にあたる北東の方角には若宮八幡神社が鎮座され、その西に清朝寺（現在廃寺）、東隣の三の丸に養源寺、西の三の丸に龍興寺、その北西に西光寺、沼をへだてた北方に光専寺、北東に本照寺がある。本丸を中心に西、北・東には大きな堀と、幅約2メートルの堀を二の丸・三の丸に配している。本丸の規模は、南北約47メートル、東西は長いところで約110メートル。西側、南側の大地の縁に土塁をめぐらし、台地下には水堀（一部空堀）で囲んだ二の丸がある。

本丸の北側の小楯に二の丸跡、西側の西楯には三の丸跡と注記があり、小楯地区の二の丸跡は東西約140メートル、南北約240メートルの方形で、幅約10～15メートルの土塁が、深さ2メートルの水堀で囲まれている。西楯の三の丸跡は東西約190メートル、南北約300メートルの規模で、西側に出口枡形門があり、その南方に「薬研堀」の名で堀が残っている。城の南方、段丘下は町屋が主体で、その中に秀重院、称善寺、浄国寺がある。

東根城は、城郭部と城下町を総合した大規模広大なもので、寛政までには相当の期間を必要としたものと思われる。歴代城主の事蹟からみて、その完成は天正・慶長頃であろう。南北朝時代の正平2年（1347）、小田島長義が初めて築城したと伝え、同年に若宮八幡神社に「神璽宮銘」や同11年（1356）「善光寺の梵鐘」にその名が残る。応永2年（1395）、最上氏一族天童頼直の四男坂本頼高が城主となった。永享12年（1440）歿。

東根坂本氏は天正9年（1581）まで7代続き、この間に東根状は拡張整備され、出城として兵備山楯、堂の前楯等が置かれた。その後、城主は里見氏に代わり、最上氏の城将として1万7千石を領した。里見氏は城郭部に寺院を移転建立するなど東根本町の町作りを行い、城下町屋を整備した。

元和8年（1622）の最上氏改易により、里見氏は阿波国蜂須賀家にお預けとなり、東根城には陣屋が置かれたが、寛文元年（1661）に破却された。