長比城跡は、伊吹山より派生する滋賀県と岐阜県にまたがる野瀬山の山頂に位置している。

米原は江南の六角氏と、江北の京極氏、さらに浅井氏の境に加えて、東側で美濃国（岐阜県）と接する国境地帯でもあったため、国境警備の山城「境目の城」が多く構えられた。長比城もその一つである。

長比城が「境目の城」として明確になっていくのが、浅井長政による織田信長への離反である。元亀元年（1570）4月、越前の朝倉義景を討伐していた織田信長に対して、信長の妹お市の方の婿である浅井長政が信長を攻撃した。九死に一生を得た信長は軍勢を整え、元亀元年6月浅井長政の討伐へ向かった。これに対して、浅井・朝倉連合軍は、美濃の国境に防御ラインを設けた。『信長公記』には、「去程に、浅井備前越前衆を呼越し、たけくらへ・かりやす両所に要害を構え候」とある。信長の侵攻に対して、越前衆の力を借りて、長比城・苅安城（上平寺城）を改修したのである。しかし、守備していた堀秀村・樋口直房は信長軍に内応し、両城はあっけなく落城した。

長比城の遺構は、大きく東と西の曲輪から成り立っている。両側の曲輪は、東西約50メートル、南北最長で約30メートルで、分厚く高い土塁が巡り、東側に食い違いの虎口を設け防御している。東の曲輪は、西の曲輪より一回り大きく、東側の土塁は厚く高いものとなっている。東側と北側に食い違いの虎口を設けており、東側（美濃側）を意識した構造となっている。