和田山城跡は、国指定史跡和田山・末寺山古墳群があることで知られる能美市和田町地内の独立小丘陵和田山に所在する。和田山には、くの字状に東西と南北に延びる尾根があり、山城は南北尾根中心に築かれている。標高は本丸、二の丸の最高部である約37m、本丸の平坦面で約33mであり、周辺山麓との比高は約23mから27m、面積は約2万2500平方mである。

尾根の中央に虎口、枡形門を置き、そこを中心として南に本丸、北に二の丸が配置されている。西側斜面は東側斜面と比べ急斜面となり、斜面中腹には腰曲輪が配置され、空堀はみられない。東斜面には本丸から延びる空堀に平行して曲輪が配置されている。

本丸は二重に仕切られた複郭式で台状形を呈し、長辺約60m、短辺約30mを測る。中央部には古墳の墳丘（和田山九号墳）があり、築城時に物見櫓に利用されたものとみられる。

二の丸はほぼ方形を呈し、長辺約50m、短辺約22mを測る。北端には古墳の墳丘（和田山八号墳）があり、本丸と同様、古墳の墳丘を物見櫓に利用したものとみられる。

和田山古墳群の発掘調査に伴い調査が行われたが、城の年代を知りうる遺物等は発見されていない。

室町時代中期に和田坊主が初めて築城したとの伝承もありが、詳細は不明である。現在の城の形は天正8年（1580）に柴田勝家が安井家清に本城を守らせた頃のものとされている。