日光奉行の発祥は梶定良に始まる。定良は徳川3代将軍家光の遺臣で、承応3年（1652）から40数年の間、日光山守護職を務めた。その後元禄13年（1700）に日光奉行が置かれるに及び、定良の屋敷を改造して「御奉行屋敷」が竣工する。

日光奉行の職掌は、日光目付や梶定良の職務を継いで、日光廟の警備・営繕・祭祀一切を監理し、定員2名で1名あて交代で日光に在勤した。ただし、寛政3年（1791）以降、それまで日光領行政の中核をなしてきた日光目代、山口氏の失脚により、従来の業務に加え、日光山取締り・収納・修復・公事訴訟まで取り扱うようになる。奉行所内には米蔵やお白州などもあった。

建物はその後も存続し、明治2年（1869）に設置された日光県の庁舎となったが、廃県とともに取り壊される。その跡地に日光ホテルが建つが焼失し、その後に古河電工の晃楽荘が建てられたが、平成6年に解体された。現在では輪王寺信徒会館となっている。